O Centro de Formação e Reflexão sempre foi encarregado de tornar-se o lugar para cuidar da filosofia Mepiana, buscando que a formação de cada colaborador (as), cada mepiano (a), seja animada pela chama que arde no Movimento, que torna peculiar a sua ação, na qual se conjugam os três fatores: a promoção do ser humano; o crescimento de sua comunidade e a sustentabilidade da região onde vive, de cada família, comunidade e território, em seu conjunto. 

Em sua trajetória teve sua sede localizada em Anchieta de 1971 até 1973, quando então se transferiu para Vitória (1973 – 1976). Posteriormente retornou para Anchieta funcionando no CESPA (1976 – 1987) e finalmente, desde o segundo semestre de 1987 até a presente data, funciona em Piúma. 

O papel do CFR é a formação humana-profissional dos/as colaboradores/as do MEPES e de instituições parceiras da Educação, sobretudo, da Educação do Campo. Tem o papel de pensar, avaliar, analisar e apresentar novas propostas ao MEPES em sua totalidade e aos Movimentos por ele assessorados, levando em conta, a expansão da Pedagogia da Alternância. A formação na perspectiva mepiana ocorre através de um processo dialético que conjuga ação-reflexão-ação, pois, uma ação sem reflexão se esvazia, em consonância com a maiêutica freireana.